SetTimer, timer1
MsgBox,, Заголовок, Текст
Return

timer1:
IfWinExist, Заголовок
{
   WinActivate
   WinMove, 40,40
}
Return

Пробовал по разному, в часности так:

MsgBox, Окно

IfWinExist, MsgBox
{
   WinActivate
   WinMove, 40,40
   return
}