<job>
 <object id="fs"  progid="Scripting.FilesystemObject"/>
 <script language="JScript">

 // считываем оба файла в массивы

 var file2=fs.openTextFile("file2.csv",1).readAll().split("\r\n");
 var file1=fs.openTextFile("file1.csv",1).readAll().split("\r\n");

 var hash={},result={},out=[];

 // все уникальные строки file1 делаем ключами структуры hash

 for(var i in file1)
  hash[file1[i]]=true;

 // все строки из file2, которых нет в hash, делаем ключами структуры result
 // тем самым отсекая их повторы

 for(var i in file2)
  if(!hash[file2[i]])
   result[file2[i]]=true;

 // складываем их в массив, и записываем его в файл

 for(var i in result)
  out.push(i);

 fs.openTextFile("result.txt",2,true).write(out.join("\r\n"))

 </script>
</job>