При чем тут SendInput и вызов функции?

Поскольку любитель - ошибся в терминологии.
На счёт средней задержки, был не прав - по странному стечению обстоятельств такая задержка происходит именно с теми командами, которые я чаще всего использую. При более широком выборе команд для теста задержки разные.

Так же занимает чуть меньше секунды. Но ведь в коде никаких команд не задействовано, используется только логика (If), математика и присвоение (n++). Подобные манипуляции задержек и не вызывали.
В общем, всем спасибо, помогли уточнить проблему. Тему можно закрывать, мне нужно потестить всё более тщательно и обозначить проблему более конкретно.

a := a_tickcount
loop 1000
{
	Health := SearchScale(HealthArray, HealthDirection, HealthColorType , HealthColorValue , HealthPosition, HealthPercentValue)
	Pet := SearchScale(PetArray, PetDirection, PetColorType , PetColorValue , PetPosition, PetPercentValue)
	Stamina := SearchScale(StaminaArray, StaminaDirection, StaminaColorType , StaminaColorValue , StaminaPosition, StaminaPercentValue)
	ToolTip Health = %Health% Pet = %Pet% Stamina = %Stamina%
}
msgbox % a_tickcount - a

Возможно, на Win10 с включенным desktop composition будет медленнее.
Насчёт функций - они срабатывают действительно медленнее, но не настолько, насколько вы описали.

SetBatchLines, -1
n:= 0, k:= 6
a:=a_tickcount
loop % 1920*1080
{
   if k = 6
      n++   
}
msgbox % n "`n" a_tickcount - a

SetBatchLines, -1
n:= 0, k:= 6
a:=a_tickcount
loop % 1920*1080
{
   if test(k)
      n++   
}
msgbox % n "`n" a_tickcount - a

test(var)
{
   if var = 6
      return true
}

	DllCall("QueryPerformanceFrequency", "Int64*", TimerFrequency)
	DllCall("QueryPerformanceCounter", "Int64*", TimerBefore)
	; Вот тут то что хотим отследить.
	DllCall("QueryPerformanceCounter", "Int64*", TimerAfter)
	Timer := (TimerAfter-TimerBefore)/TimerFrequency*1000
	ToolTip %Timer%

Вот так даёт точный результат по времени, теперь понятно почему A_TickCount мне выдовал, то 0 то 15 мс. - он просто округлял значения, хотя в справке написано, что округляет до 10, не понятно от куда 15...
В общем, вот этим уточнённым методом, перепроверил - любая функция занимает от почти 0 до почти 20 мс. Почему такой большой разброс? Это нормально? Может дело в системе? А то этот Win10 я сразу невзлюбил...

#SingleInstance Force
#Persistent
#WinActivateForce
#InstallKeybdHook
#InstallMouseHook
#KeyHistory 0
#NoEnv
ListLines Off
SetBatchLines -1
SetDefaultMouseSpeed 0
SetKeyDelay 0, 0
SetMouseDelay 0
SetWinDelay 0
SetControlDelay 0
SetTitleMatchMode 3
SetTitleMatchMode Fast
CoordMode Pixel, Screen

; Используя термин "шкала" - я имею в виду горизонтальные или вертикальные полоски прогресса/регресса, раз уж речь об играх, то для примера - шкалы здоровья, маны, применения и т.п.
; Все они имеют одну отличительную особенность - резкий переход по цвету и/или яркости пикселя, вот эту точку перехода мы и будем искать в скрипте.


; Создаём функцию которая будет создавать массивы.
; Параметры:
; CreateScaleDirectionInput - вводится пользователем - направление поиска "Horizontal" или "Vertical".
; CreateScaleColorTypeInput - вводится пользователем - искомый цвет "Red" или "Green" или "Blue" или "Brightness".
; CreateScaleColorValueInput - вводится пользователем - искомая яркость (целое число)
; CreateScalePositionInput, CreateScaleBegin, CreateScaleEnd - вводятся пользователем - координаты шкалы  (Y,X1,X2 или X,Y1,Y2).
; CreateScaleArray - выводится функцией - имя создаваемого массива.
; CreateScaleDirectionOutput - выводится функцией - направление как переменная, для последующего поиска.
; CreateScaleColorTypeOutput - выводится функцией - искомый цвет как переменная, для последующего поиска.
; CreateScaleColorValueOutput - выводится функцией - искомая яркость как переменная, для последующего поиска.
; CreateScalePositionOutput - выводится функцией - начальная координата как переменная, для последующего поиска пикселя (Y или X).
; CreateScalePercentValue - выводится функцией - процентное значение одного пикселя, в искомой шкале.
CreateScale(CreateScaleDirectionInput, CreateScaleColorTypeInput, CreateScaleColorValueInput, CreateScalePositionInput, CreateScaleBegin, CreateScaleEnd, ByRef CreateScaleArray, ByRef CreateScaleDirectionOutput, ByRef CreateScaleColorTypeOutput, ByRef CreateScaleColorValueOutput, ByRef CreateScalePositionOutput, ByRef CreateScalePercentValue)
{
	CreateScaleDirectionOutput := CreateScaleDirectionInput
	CreateScaleColorTypeOutput := CreateScaleColorTypeInput
	CreateScaleColorValueOutput := CreateScaleColorValueInput
	CreateScalePositionOutput := CreateScalePositionInput
	CreateScaleArray := []
	CreateScaleArray.Push(CreateScaleBegin)
	CreateScaleArrayCount := Abs(CreateScaleEnd-CreateScaleBegin)+1
	CreateScalePercentValue := 100/CreateScaleArrayCount
	While CreateScaleArray.MaxIndex()<CreateScaleArrayCount
	{
		If CreateScaleBegin<CreateScaleEnd
		{
			CreateScaleBegin := CreateScaleBegin+1
		}
		Else
		{
			CreateScaleBegin := CreateScaleBegin-1
		}
		CreateScaleArray.Push(CreateScaleBegin)
	}
}


; Создаём функцию которая будет оценивать пиксели по яркости, внутри другой функции.
; Параметры:
; PixelX, PixelY - вводятся пользователем - но будут принимать переменные от других функций (координаты).
; PixelGetColorValueRed, PixelGetColorValueGreen, PixelGetColorValueBlue, PixelGetColorValueBrightness - выводятся функцией - яркость по цветам и общая.
PixelGetColorValue(PixelX, PixelY, ByRef PixelGetColorValueRed, ByRef PixelGetColorValueGreen, ByRef PixelGetColorValueBlue, ByRef PixelGetColorValueBrightness)
{
	PixelGetColor PixelGetColorHex, PixelX, PixelY, RGB
	PixelGetColorValueRed := (PixelGetColorHex & 0xFF0000) >> 16
	PixelGetColorValueGreen := (PixelGetColorHex & 0xFF00) >> 8
	PixelGetColorValueBlue := PixelGetColorHex & 0xFF
	PixelGetColorValueBrightness := Max(PixelGetColorValueRed, PixelGetColorValueGreen, PixelGetColorValueBlue)
}


; Создаём функцию, которая будет выбирать пиксели на шкале для проверки яркости, внутри функции будет вызываться функция оценки яркости.
; За основу я взял бинарный поиск, но слегка видоизменил, ведь нужно найти не конкретное значение, а точку перехода от True к False, но основной принцип ведь тот же - левее True не может быть False а правее False не может быть True.
; Все параметры в функции - будут принимать переменные, выводимые из массива.
; Функция возвращает последний пиксель искомой яркости на шкале, в процентном выражении.
SearchScale(SearchScaleArray, SearchScaleDirection, SearchScaleColorType, SearchScaleColorValue, SearchScalePosition, SearchScalePercentValue)
{
	SearchScaleBegin := SearchScaleArray.MinIndex()
	SearchScaleEnd := SearchScaleArray.MaxIndex()
	SearchScalePercent := 0
	While SearchScaleBegin<=SearchScaleEnd
	{
		SearchScaleMiddle := Floor((SearchScaleBegin+SearchScaleEnd)/2)
		If (SearchScaleDirection = "Vertical")
		{
			PixelGetColorValue(SearchScalePosition, SearchScaleArray[SearchScaleMiddle], SearchScaleRed, SearchScaleGreen, SearchScaleBlue, SearchScaleBrightness)
		}
		Else If (SearchScaleDirection = "Horizontal")
		{
			PixelGetColorValue(SearchScaleArray[SearchScaleMiddle], SearchScalePosition, SearchScaleRed, SearchScaleGreen, SearchScaleBlue, SearchScaleBrightness)
		}
		If (SearchScaleColorType = "Red")
		{
			If SearchScaleRed>%SearchScaleColorValue%
			{
				SearchScalePercent := SearchScaleMiddle
				SearchScaleBegin := SearchScaleMiddle+1
			}
			Else
			{
				SearchScaleEnd := SearchScaleMiddle-1
			}
		}
		Else If (SearchScaleColorType = "Green")
		{
			If SearchScaleGreen>%SearchScaleColorValue%
			{
				SearchScalePercent := SearchScaleMiddle
				SearchScaleBegin := SearchScaleMiddle+1
			}
			Else
			{
				SearchScaleEnd := SearchScaleMiddle-1
			}
		}
		Else If (SearchScaleColorType = "Blue")
		{
			If SearchScaleBlue>%SearchScaleColorValue%
			{
				SearchScalePercent := SearchScaleMiddle
				SearchScaleBegin := SearchScaleMiddle+1
			}
			Else
			{
				SearchScaleEnd := SearchScaleMiddle-1
			}
		}
		Else If (SearchScaleColorType = "Brightness")
		{
			If SearchScaleBrightness>%SearchScaleColorValue%
			{
				SearchScalePercent := SearchScaleMiddle
				SearchScaleBegin := SearchScaleMiddle+1
			}
			Else
			{
				SearchScaleEnd := SearchScaleMiddle-1
			}
		}
	}
	Return Round(SearchScalePercent*SearchScalePercentValue)
}


; Единожды создаём массивы, вводим параметры ручками.
; Имена переменных параметров указываем соответственно как в массиве (который выводит данные в эти переменные), так и в функции поиска (которая принимает данные из этих переменных).
CreateScale("Horizontal", "Brightness", 165, 782, 802, 1090, HealthArray, HealthDirection, HealthColorType , HealthColorValue , HealthPosition, HealthPercentValue)
CreateScale("Horizontal", "Brightness", 165, 786, 1181, 1393, PetArray, PetDirection, PetColorType , PetColorValue , PetPosition, PetPercentValue)
CreateScale("Horizontal", "Brightness", 165, 826, 802, 1090, StaminaArray, StaminaDirection, StaminaColorType , StaminaColorValue , StaminaPosition, StaminaPercentValue)


SetTimer Spam, 50
Spam:
{
	Health := SearchScale(HealthArray, HealthDirection, HealthColorType , HealthColorValue , HealthPosition, HealthPercentValue)
	Pet := SearchScale(PetArray, PetDirection, PetColorType , PetColorValue , PetPosition, PetPercentValue)
	Stamina := SearchScale(StaminaArray, StaminaDirection, StaminaColorType , StaminaColorValue , StaminaPosition, StaminaPercentValue)
	ToolTip Health = %Health% Pet = %Pet% Stamina = %Stamina%
}
Return