включение и выключение конкретно этой функции в скрипте. Тоесть, что бы при нажатии на gbutton отключался только этот скрипт(оверлей)

У вас какой-то скрипт в скрипте получается. В одном скрипте нет никакого другого скрипта, это всё один и тот же скрипт. И функции там тоже никакой нет. Есть только Gui (окно). Окно — это не функция. Если я вас правильно понял, нужно, чтобы по горячей клавише это окно появлялось и скрывалось. Тогда можно так:

F3::
ShowHideGui() {
    static WS_EX_TRANSPARENT := 0x20, hGui, toggle := ""
    if (toggle == "")
    {
        x := (A_ScreenWidth / 2)-1
        y := (A_ScreenHeight / 2)-1
        w := 3
        h := 3
        color := 0xFF0000

        Gui, New, hwndhGui +AlwaysOnTop -Caption +Owner +LastFound +E%WS_EX_TRANSPARENT%
        WinSet, Transparent, 255
        Gui, Color, % color
        Gui, Show, Hide x%x% y%y% w%w% h%h%
    }
    Gui, %hGui%: Show, % (toggle := !toggle) ? "NA" : "Hide"
}

button4:
x := (A_ScreenWidth / 2)-1
y := (A_ScreenHeight / 2)-1

w = 3
h = 3
Color = 0xFF0000
WS_EX_TRANSPARENT := 0x20
WS_EX_LAYERED := 0x80000
Gui, +AlwaysOnTop -Caption +ToolWindow +LastFound
Gui, Color, % Color
Gui, Show, x%x% y%y% w%w% h%h% NA
WinSet, ExStyle, % "+" WS_EX_LAYERED|WS_EX_TRANSPARENT
return

Как сделать включение выключение скрипта по кнопке?

Не понимаю от слова совсем в ahk, не бейте. Хочу разобраться.