В справке еще упоминается WinActivateBottom, он, кажется, не выводит поверх "always on top"-окон.

Нет, это не то. Разница с WinActivate лишь в том, что выбирается нижнее из окон, подходящее под параметр WinTitle.

Вот я что-то такое и подозревал. В справке еще упоминается WinActivateBottom, он, кажется, не выводит поверх "always on top"-окон. Попробую, что подойдет.

WS_EX_TOPMOST или что-то подобно там есть, но в обычных условиях они не конфликтуют - вручную я десятки раз переключал программы

Вручную и командой WinActivate — разные вещи, она всегда выводит активируемое окно вперёд. Чтобы вернуть на передний план нужное окно, можно выполнить такой код:

DllCall("SetWindowPos", UInt, hwnd, Int, HWND_TOP := 0
   , Int, 0, Int, 0, Int, 0, Int, 0
   , UInt, (SWP_NOACTIVATE:=0x10)|(SWP_NOMOVE:=0x2)|(SWP_NOSIZE:=0x1))

где hwnd — идентификатор окна.
Всё-таки я не понял, почему ты решил, что «WS_EX_TRANSPARENT и WS_EX_LAYERED слетают». Окно с этими стилями не обязательно должно находиться на переднем плане.

И, на всякий случай, код окна, которое должно находится поверх остальных:

Gui, +AlwaysOnTop -Caption +ToolWindow +LastFound
Gui, Color, % Color
Gui, Font, s20, Verdana
Gui, Add, Text, cWhite x1 y1 w40 h35 , 0
Gui, Show, x%x% y%y% w%w% h%h% NA   ; показываем окно в выбранных координатах и размерах
WinSet, ExStyle, % "+" WS_EX_LAYERED|WS_EX_TRANSPARENT   ; добавляем прозрачность для кликов мыши

SetTimer LoadShots, 500

LoadShots:
{
WinSet, ExStyle, ^0x80000, Shots.exe ; shots.exe - это и есть откомпилированный скрипт
WinSet, ExStyle, ^0x20, Shots.exe ; сначала переключаю стили, чтобы можно было менять значение Static1 в окне
ControlSetText, Static1, %Result%, Shots.exe; вот тут и меняю
WinSet, ExStyle, ^0x80000, Shots.exe ;
WinSet, ExStyle, ^0x20, Shots.exe ;... и переключаем обратно
}
Return

Чуть не забыл - WS_EX_TRANSPARENT и WS_EX_LAYERED слетают, как мне кажется, потому что после возникновения проблемы любое окно при активации перекрывают окно скрипта.

WinClose, ahk_class XmainClass
IfWinNotActive, ahk_class ThunderRT6FormDC, , WinActivate, ahk_class ThunderRT6FormDC, 
WinWaitActive, ahk_class ThunderRT6FormDC 
MouseClick, left, %MenuTargetX%,%MenuTargetY%

Когда вручную переключаю окна - все нормально, когда в другом скрипте выполняется эти строчки - через раз WS_EX_TRANSPARENT и WS_EX_LAYERED слетают. Полдня сегодня бился, на данный момент просто перезапускаю скрипт по хоткею, когда это проблема возникает. Но хотелось бы все-таки разобраться, чего ж оно так.

а как сделать красную точку в центре экрана поверх активных окон? (чтоб отображалась в игре counter-strike source)

В контре нужды не было, а вот в DoD-е для винтовки у нас некоторые на экран ниткой перекрестие делали(к монитору скочем) - и стрелять без "прильнуть к прицелу" нормально было, и матценности портить не нужно(это уже про рисование на экране карандашом), и ни один античит(кроме соседа) не пропалит

а как сделать красную точку в центре экрана поверх активных окон? (чтоб отображалась в игре counter-strike source)
напишите код, заранее спасибо

Так карандашом же, расслюнявьте и по экрану слегка

...чтоб отображалась в игре counter-strike source

На сколько я знаю, Valve Anti Cheat (программа античит в онлайн играх от Steam) а так же PunkBuster (такой же античит только во многих других онлайн играх) классифицируют такие оверлеи как CROSSHAIR HACK и жестко карают за использование подобных вещей выдавая перманентные баны (permanent ban). Даже за оверлей размером в один пиксель последовало наказание.