Если какое-то окно не реагирует должным образом на WinMinimize, попробуйте использовать следующий пример:

PostMessage, 0x112, 0xF020,,, WinTitle, WinText ; 0x112 = WM_SYSCOMMAND, 0xF020 = SC_MINIMIZE

Данный код может создать проблемы: при нажатии хоткея, когда активным является не какое-то окно, а рабочий стол.
У меня Windows7 и всё с рабочего стола просто сворачивается в мелкую полоску, двойной клик по которой возвращает всё на место.
В код нужно добавить исключение по классу WorkerW:

+Esc::
{
WinGetClass, class, A
if class = WorkerW
{
return
}
else
WinMinimize, A
}

Я бы отправил это сообщение как комментарий в ту тему, но у меня нет прав.