r := Array()
Color = 0x00000C 
Color1 = 0x0C0000
Color2 = 0x000C00
x = 500
y = 500
w = 1 
h = 1
loop
{   
  ;   1ый код
    If (InputLayout() = "Russian")
    {   
	Gui, +AlwaysOnTop -Caption +ToolWindow +LastFound
	Gui, Color, % Color
	Gui, Show, x%x% y%y% w%w% h%h% NA
    }
    Else If (InputLayout() = "Latvian")
    {   
	Gui, +AlwaysOnTop -Caption +ToolWindow +LastFound
	Gui, Color, % Color1
	Gui, Show, x%x% y%y% w%w% h%h% NA
    }
    Else If (InputLayout() = "English")
    {   
	Gui, +AlwaysOnTop -Caption +ToolWindow +LastFound
	Gui, Color, % Color2
	Gui, Show, x%x% y%y% w%w% h%h% NA
    }

  ;   2ой код

   id := 0|WinExist("A") ;берём активное окно!
   WinGetTitle, Title, ahk_id%id% ;получаем его заголовок
   if(InStr(Title, "OOo-dev")&&(!r["_" . id])) ;Если в заголовке есть слово "Блокнот" и окна нет в списке
   {
     Winrestore, ahk_id%id%
      winmove, ahk_id%id%,, 0,0,%a_screenwidth%, %A_ScreenHeight% 
      r["_" . id] := id
   }
   WinWaitNotActive, ahk_id%id%
   For Key, value in r
   {
      IfWinNotExist, ahk_id%value%
      {
         r.Remove(Key)
      }
   }
   sleep, 50
}
 
InputLayout()
{
    ThreadID := DllCall("GetWindowThreadProcessId", "Int", WinExist("A"), "Int", 0)
    HKL := DllCall("GetKeyboardLayout", "uint", ThreadID, "UShort")
    VarSetCapacity(sKbd, 260, 0)
    DllCall("GetLocaleInfo", "uint", HKL
                           , "uint", 0x1001
                           , "str",  sKbd
                           , "uint", 260)
    Return sKbd
}

И я подозреваю это из-за конфликта

Можно ли во втором коде, это чем-нибудь заменить?

Ничего себе сколько тонкостей и сложностей, казалось бы для простой задачи.

Тут скорее баг, чем тонкость

For Key, value in r- цикл по всем элементам массива r, ключ будет помещён в переменную Key, а значение в value. На примере всё понятно:

arr := Array()
arr["Key1"] := "Value1"
arr["Key2"] := "Value2"
arr["Key3"] := "Value3"
For Key, Value in arr
{
   MsgBox %Key%, %Value%
}

r.Remove(Key)- удаление элемента с ключом Key из массива r.

  For Key, value in r
   {
      IfWinNotExist, ahk_id%value%
      {
         r.Remove(Key)

А можете, пожалуйста, вот это объяснить.

Не, не получается.
Открываем первый блокнот, он максимизируется.
Мы его сдвигаем.
Открываем второй блокнот, он максимизируется.
Мы его закрываем.
Потом активируем первый и первый опять максимизируется.

Пришлось раз 20 повторить, чтобы так и произошло . Похоже разрабы накосячили с массивами, если имена ключей сделать строками, то проблема, вроде, пропадает:

r := Array()
loop
{
   id := 0|WinExist("A") ;берём активное окно!
   WinGetTitle, Title, ahk_id%id% ;получаем его заголовок
   if(InStr(Title, "Блокнот")&&(!r["_" . id])) ;Если в заголовке есть слово "Блокнот" и окна нет в списке
   {
     Winrestore, ahk_id%id%
      winmove, ahk_id%id%,, 0,0,%a_screenwidth%, %A_ScreenHeight% 
      r["_" . id] := id
   }
   WinWaitNotActive, ahk_id%id%
   For Key, value in r
   {
      IfWinNotExist, ahk_id%value%
      {
         r.Remove(Key)
      }
   }
}

r := Array()
loop
{
   id := WinExist("A") ;берём активное окно!
   WinGetTitle, Title, ahk_id%id% ;получаем его заголовок
   if(InStr(Title, "Блокнот")&&(!r[id])) ;Если в заголовке есть слово "Блокнот" и окна нет в списке
   {
     Winrestore, ahk_id%id%
      winmove, ahk_id%id%,, 0,0,%a_screenwidth%, %A_ScreenHeight% 
      r[id] := 1
   }
   WinWaitNotActive, ahk_id%id%
   For Key, value in r
   {
      IfWinNotExist, ahk_id%Key%
      {
         r.Remove(Key)
      }
   }
}

settitlematchmode 2
r := Array()
loop
{
   WinGet id, id, Notepad, A
   if(!r[id]) ;Есть ли окно в списке
   {
     Winrestore, Notepad  
      winmove, Notepad,, 0,0,%a_screenwidth%, %A_ScreenHeight% 
      r[id] := 1
      ; msgbox % id
   }
   WinWaitNotActive, ahk_id%id% ;ждём пока активным станет другое окно
   For Key, value in r
   {
      IfWinNotExist, ahk_id%Key%
      {
         r.Remove(Key)
      }
   }
}

Если открыть одно окно блокнота и попытаться его минимизировать, то скрипт автоматом его максимизирует.

Конечно, при повторном открытиии окно получает такой же id, а оно уже есть в списке -> скрипт не срабатывает.

Этот id никак не зависит от открываемой программы, более того, дескрипторы всех GUI объектов хранятся в одной таблице(HANDLEENTRY), т.е. id окна вполне может достаться, например, хуку или хоткею. Этот список, кстати, спроектирован в каждый процесс. В принципе все эти хендлы являются просто ссылками, поэтому если окно создать, потом удалить и снова создать, то оно получит тот же хэндл, я как-то об этом сразу не подумал. Тогда придётся удалять закрытые окна:

r := Array()
loop
{
   WinGet id, id, A
   if(!r[id]) ;Есть ли окно в списке
   {
      r[id] := 1
	  msgbox % id
   }
   WinWaitNotActive, ahk_id%id% ;ждём пока активным станет другое окно
   For Key, value in r
   {
      IfWinNotExist, ahk_id%Key%
	  {
		 r.Remove(Key)
	  }
   }
}

Settitlematchmode 2
r := Array()
loop
{
   WinGet id, id, Notepad, A
   if(!r[id]) ;Есть ли окно в списке
   {
      Winrestore, Notepad  
      winmove, Notepad,, 0,0,%a_screenwidth%, %A_ScreenHeight% 
      r[id] := 1
   }
   WinWaitNotActive, ahk_id%id% ;ждём пока активным станет другое окно
   IfWinNotExist, ahk_id%id%
   r[id] := 0
}

При минимизировании блокнота всё дёргается как припадочное.

WinWaitNotActive, ahk_id%id% ;ждём пока активным станет другое окно

Следующие строки:

IfWinNotExist, ahk_id%id%
   r[id] := 0