OnMessage(0x3, "WinMoveResize")
OnMessage(0x5, "WinMoveResize")

функция memoryScanFunc() остается в авторском виде.

Обработчик событий перемещения/изменения:

WinMoveResize(wParam, lParam) {
SetTimer, MemoryScan, %memoryScanInterval%
}

Переменная memoryScanInterval должна быть объявлена глобальной в таком случае. (строка 26)

memoryScanFunc()    ; LAGGY.
{
    Gui, ListView, ManageProcesses
    if !(WinActive("ahk_class AutoHotkeyGUI") && GetKeyState("vk1", "P"))     ; (1)
    For k, v In scriptsSnapshot    ; Repeat as many times as there are running AHK-scripts.
    {
        newState := (isProcessSuspended(v.pid) ? 5 : 1 + getScriptState(v.pid))
        If (v.icon != newState)
            LV_Modify(k, "Icon" v.icon := newState)
    }
}

Upd: более "правильное" решение нашлось при помощи OnMessage()
В секции автовыполнения:

OnMessage(0x3, "WinMoveResize")
OnMessage(0x5, "WinMoveResize")

функция memoryScanFunc() примет вид:

memoryScanFunc()    ; LAGGY.
{
    Global LastTimeMoveOrResize
    Gui, ListView, ManageProcesses
    if !LastTimeMoveOrResize || (A_TickCount - LastTimeMoveOrResize > 300)
    For k, v In scriptsSnapshot    ; Repeat as many times as there are running AHK-scripts.
    {
        newState := (isProcessSuspended(v.pid) ? 5 : 1 + getScriptState(v.pid))
        If (v.icon != newState)
            LV_Modify(k, "Icon" v.icon := newState)
    }
}

Добавлена функция-обработчик перемещения/изменения размеров окна:

WinMoveResize(wParam, lParam)
{
   Global LastTimeMoveOrResize := A_TickCount
}

Похоже, что без замораживания таймера на время перетаскивания окна (а это, боюсь, что чревато негативными последствиями) никак не получится победить эти подлагивания при перетаскивании окна.

Я до сих пор мало понимаю в нитях и их приоритетах, и мне кажется тут никакие Critical/Priority/Thread не помогут, но если я ошибаюсь - подскажите что надо сделать.

Кстати, странно, но иногда этот глюк пропадает сам собой на какое-то время, но потом возвращается.

p.s.: в обновлённой версии также подправил работу всех командных кнопок так, чтобы если в списке процессов была выбрана группа процессов включая процесс самого masterscript'а, то действия бы надёжно выполнялись для всех процессов, а не прекращались бы на обработке masterscript'а, как это было раньше.

p.s.: я был бы рад, если б кто-нибудь попробовал скрипт и подсказал что в нём надо подправить, а что в него надо добавить.

Критика:
1. Пока скрипт не следит за подключением новых/отключением старых дисков. Я знаю, как это исправить простым образом, но хотел исправить это "продвинутым" образом, но споткнулся на конфликте входящих вызовов OnMessage и исходящих вызовов ComObjGet, которые приводят к ошибке и поломке работы скрипта.
2. Стоит добавить в скрипт поддержу "закладок" для папок (добавление новых, построение дерева и удаление существующих). Скоро добавлю.