А чтобы управлять ими нужно использовать ControlSend.

Я про то,что у меня игра активна в обоих окнах

игра может быть активна только в одном окне, так уж устроен мир
Может вам нужно что то иное? Тогда окна/процессы должны называться по разному, т.е. второе окно должно иметь другое имя, отличное от первого, что им управлять - иначе ни как не выйдет.

У меня есть два активных окна

Одновременно два окна активными быть не могут. У вас на скриншоте активно левое (тёмная полоса заголовка).