Упаковать можно, учитывая что точка с запятой в начале строки в командных файлах ни на что не повлияет. Но файл с расширением "ahk" не получится запустит как командный. Придется назначить ему расширение "cmd" или "bat", сделать перезапуск себя как AHK...
Второй путь - запустить cmd.exe с ключом /c и указанными командами в качестве параметров.
Но, по-моему, разумнее переписать на AHK
FileGetTime FileDate, cookies.txt
FormatTime FileDate, %FileDate%, yyyyMMdd
FormatTime CurrDate,, yyyyMMdd
IfNotEqual FileDate, %CurrDate%, FileDelete cookies.txt
IfNotExist cookies.txt, Run wget --keep-session-cookies --save-cookies cookies.txt --post-data "login_username=LOGIN&login_password=PASSWORD&login=%C2%F5%EE%E4" --no-check-certificate LINK