Иногда во 2-ой вкладке, где в реальном времени отслеживаются процессы - всё-таки происходят какие-то коллизии и мёртвые скрипты остаются в списке.
А ещё на 1-ой вкладке происходят глюки с иконками, но это уже к производительности/надёжности самого AHK, а не к вопросу про нити.
Ради интереса написал подобный скрипт, всё работает нормально. 
В качестве досужих раздумий:
Перед запуском таймера записывать события в массив, например в ключ A_TickCount, и уже после его обработки - удалять этот ключ.
Цикл For K, V in Arr сам отсортирует от ранних до последних (это про ключ A_TickCount).
]]>Что значит слово "нити" в названии темы?
ypppu, по ходу threads - потоки. Иногда их называют - нити.
]]>таймер останавливается, если открыто контекстное меню
Насколько помню, такое ещё происходит при перетаскивании за заголовок GUI скрипта.
]]>Проверил, но ничего не понял. Вроде коллизий нет, но не уверен, что они невозможны.
Что вы называете коллизиями?
]]>Какое-то очень не очевидное поведение и которое, похоже, нельзя побороть.
Как раз очевидное, SetTimer:
Although timers will operate when the script is suspended, they will not run if the current thread has "Thread NoTimers" in effect or whenever any thread is paused. In addition, they do not operate when the user is navigating through one of the script's menus (such as the tray icon menu or a menu bar).
If a monitored message that is numerically less than 0x312 arrives while the script is absolutely uninterruptible -- such as while a menu is displayed...
И ещё: таймер останавливается, если открыто контекстное меню у иконки скрипта в трее. Какое-то очень не очевидное поведение и которое, похоже, нельзя побороть.
]]>Всегда ли новый поток прерывает старый? Т.е. может такое случиться, что и таймер так попадёт по времени, что может перебить выполнение действий из хука?
]]>Итак вопрос по поводу прерываний:
Есть у меня в скрипте 3 хука: один следит за появлением новых процессов, второй за смертью процессов, а третий за появлением/исчезанием новых дисков.
При каждом из этих событий требуется выполнить определённый объём вычислений, обновить содержимое массивов и перелопатить их после этого, выполняя определённые действия с каждой вещью из массива.
Т.к.
а). мне было сказано, что выполнять обработку внутри функции хука это не комильфо, и что надо бы обработку вынести в таймер;
б). похоже, что хуком следить за состоянием других процессов и других скриптов нельзя
То возник главный вопрос:
Если я обработку всех этих событий переложу на таймер, то как он поведёт себя, в случае если пока выполняется его рутина - возникнет какое-то новое событие, которое отловит хук и после которого надо либо дождаться завершения текущей обработки по таймеру, либо отменить её и начать обработку заново? перервёт ли хук рутину таймера?