txt =
(  
оДИНАКОВЫЕ1
Одинаковые2

Одинаковые3
Одинаковые1
Одинаковые3
Одинаковые2

Одинаковые2
ОдинакОвые1
)

list := {}
Loop, parse, txt, `n
   if !list.HasKey(A_LoopField) {
      list.Insert(A_LoopField,"")
      Res .= A_LoopField "`n"
   }
MsgBox % Res

если регистр нужен, то через HasKey не выйдет его проверить.

For k, v in list := StrSplit(txt, "`n") 
    Loop % list.maxindex()-k
        list[k+A_Index] ~= "i)" v ? list.remove(k+A_Index) : 0 
For k, v in list 
    Res .= v "`n"
MsgBox % Res

Работает первый и второй вариант! Там используется: `n

list := {}
Loop, Read, in.txt, out.txt
   if !list.HasKey(A_LoopReadLine) {
      list.Insert(A_LoopReadLine,"")
      FileAppend, %A_LoopReadLine%`n
   }

Можно воспользоваться функцией "Sort", если последовательность срок неважна.

Упс.. Надо уточнить, я чего то сразу и не подумал
Последовательность важна! Надо чтобы последовательность осталась такой же, а из совпавших строк надо что бы верхняя оставалась, а нижние удалялись.

Как можно проще на AutoHotKey сделать скрипт который найдет в текстовом файле одинаковые строки и удалит их оставив только одну из одинаковых?

К примеру содержимое текстового файла: