Вот так у меня получилось отражать окно с таймером поверх панели задач, слева от языковой панели:

hTray := WinExist("ahk_class Shell_TrayWnd")
ControlGetPos, X,,,, CiceroUIWndFrame1
WinGetPos,, Y_Tray,, H_Tray

Gui, -Caption +ToolWindow +AlwaysOnTop +Owner
Gui, Margin, 0, 0
Gui, Color, Black
Gui, Font, s10
Gui, Add, Text, % "center x0 y4 cWhite w" H_Tray " h" H_Tray - 8, % sec := 10
Gui, Show, % "NA x" X-50 " y" Y_Tray + 2
StartTime := A_TickCount
SetTimer, Timer, 100
Return

Timer:
   Gui, +AlwaysOnTop
   Time := (A_TickCount - StartTime)//1000
   if (Time != PrevTime)
   {
      GuiControl,, Static1, % res := sec - Time
      PrevTime := Time
   }
   if res = 0
   {
      SetTimer, Timer, Off
      MsgBox, Отсчёт закончен
      ExitApp
   }
   Return

Выйдет, если языковая панель имеет ClassNN "CiceroUIWndFrame1".