В ворде не пробовал, но вот например в Directory Opus, SketchUp, в фубаре и ещё по мелочи, там не работает.

#InstallKeybdHook
#InstallMouseHook
MButton::
Clipboard =
Send, ^{vk43}
ClipWait, 0.1
if ErrorLevel
{
   var := !var
   if var
      Send, {MButton}
   else if (A_PriorKey != "MButton")
   {
      Send, {MButton}
      var := !var
   }
}
return

А в окошке с хелпом так:

#InstallKeybdHook
#InstallMouseHook
MButton::
Clipboard =
Send, ^{vk43}
ClipWait, 0.1
if ErrorLevel
{
   var := !var
   if var
      Send, {MButton}
   else if (A_PriorKey = "LButton") or (A_PriorKey = "RButton")
   {
      Send, {MButton 3}
      var := !var
   }
   else if (A_PriorKey != "MButton")
   {
      Send, {MButton}
      var := !var
   }
}
return

У меня твой вариант не работает.

Хм... странно, а у меня твой не работает, пробовал в справке ahk.
...
Сделал "ClipWait, 0" заработало.

На основе скрипта Malcevа, должно работать с другими приложениями:

~*MButton::
Clipboard =
Send, ^{vk43}
ClipWait, 0
if ErrorLevel
{
   var := !var
   if var
      n = 0
   else if (A_PriorKey != "MButton")
   {
      n = 0
      var := !var
   }
   else
      n = 1
   Send, {MButton %n%}
}
return

но СКМ кроме как в браузере нигде больше не работает.

Нигде это где?
Я в ворде тестировал.

ЗЫ А разве для кликов мышью не надо значок доллара ставить, чтобы себя посылать?

Нет. Мышиные хоткеи всегда с помощью хука реализуются.

MButton::
Clipboard =
Send, ^{vk43}
ClipWait, 0.1
if ErrorLevel
{
   var := !var
   if var
      n = 1
   else if (A_PriorKey != "MButton")
   {
      n = 1
      var := !var
   }
   else
      n = 2
   Send, {MButton %n%}
}
return

Но это все зависит от приложения.
Например в фаерфоксе работает скрипт из шестого поста.
ЗЫ А разве для кликов мышью не надо значок доллара ставить, чтобы себя посылать?

setbatchlines,-1

MButton::
  mousegetpos,,,,c
  Clipboard=
  Send,^{vk43}
  ClipWait,0
  if (errorlevel and oldc!=c)
    Send,{MButton}
  else if (oldc=c)
    c=
  else
  {
    tooltip,Скопировано.
    settimer,Removetooltip,-2000
  }
  oldc:=c
Return

RemoveToolTip:
tooltip,
return

Правда приходится иногда два раза жать.

Давно хотел спросить, ведь хоткеи Ctrl-C да и Ctrl-V вызывают в виндовс некие функции API? Если так, то есть ли к ним доступ, чтобы вызвать?

Нет, система ничего специально для них не делает, это всё на усмотрение приложения. Просто сложилась традиция использовать их для работы с буфером обмена. Другое дело комбинации Ctrl-Ins, Shift-Ins, Shift-Del. Они вызывают посылку в окно сообщений WM_COPY, WM_PASTE, WM_CUT.

Но посылка WM_COPY не помогает — не работает в браузере. Возможно, не в тот контрол посылается.

А почему он должен быть зажат?

посылаемый при втором нажатии Ctrl отключает прокрутку

Перед тем как послать Ctrl, можно же проверить что он зажат, и если зажат, то послать только "С".

Как показал несложный эксперимент, посылаемый при втором нажатии Ctrl отключает прокрутку, а затем посыл средней кнопки опять её включает.

Вот-вот, сам то я это понял, только не знал как объяснить.

Ну сперва думал может есть какая-то контекстно-чувствительная команда ждущее событие типа "что то выделено", на подобие IfWinActive/WinWaitActive