; ... Остальной код
if (Timers[A_Index][2] * 1000 < A_TimeIdlePhysical)
   WinActivate, ahk_class Shell_TrayWnd
return
}

В принципе, если не мониторить список приложений, а сделать так, чтоб при  простое всегда активизировалась панель задач, скрипт будет намного проще.

loop {
   if  !WinActive("ahk_class Shell_TrayWnd")&&(A_TimeIdlePhysical > 15000) ; 15c
   WinActivate, ahk_class Shell_TrayWnd
   sleep 1000
}

Появляется уведомление:

Выполняется до первого сворачивания, т.е. после возобновления активности окна скрипт необходимо перезагрузить.
И главное, он никак не реагирует на взаимодействие с окном или с простоем ПК, т.е. сворачивается даже тогда, когда я работаю. Выходит, это таймер на сворачивание без никаких условий.

WinMinimizeTimer("ahk_class Chrome_WidgetWin_1",    "0:0:15")
WinMinimizeTimer("ahk_class Notepad",    "0:1:3")

msgbox % WinMinimizeTimer()
#Persistent
WinMinimizeTimer(title="",timeWait="")
{
    Static Timers := []
    if !title and !timeWait
    {
    for i,k in Timers
        list .= (list? "`n" : "") k[2] "`t:`t" k[1]
    return list
    }
    loop,parse,timeWait,:
    time_ss+= ((A_Index=1)?A_LoopField*60*60: (A_Index=2)?A_LoopField*60: (A_Index=3)?A_LoopField: "")
    Timers.Insert([title,time_ss-1])
    if (Timers.MaxIndex()=1)
        SetTimer tm,1000
    return
    tm:
    loop % Timers.MaxIndex()
        if (Timers[A_Index][2] != 0)
            Timers[A_Index][2]--
        else
        {
            WinGet status,MinMax,% Timers[A_Index][1]
            WinGetTitle tl,% Timers[A_Index][1]
            if status in 0,1
            {
                WinMinimize % Timers[A_Index][1]
                traytip,% tl, % "Свёрнуто окно."
            }
            if status = -1
                traytip,% tl, % "окно уже свёрнуто."
        Timers.Remove(A_Index)
        }
    if !Timers.MaxIndex()
        SetTimer tm,off
    return
}

Помогите, пожалуйста, с написанием сценария, который бы сворачивал окно рабочей программы (или нескольких) после заданного промежутка времени её простоя.

Как логгировать работу - активное время ~50мс, непосредственно сам клик. А если он в это время просто водит мышкой?

Для этого можно установить задержку, например, в полминуты. Высокая точность не важна, главное, чтобы не учитывалось время в качестве рабочего тогда, когда ушел пить чай, например, а программу не закрыл. Т.е. погрешность в полминуты погоды не сделает. Движение курсора лучше не примыкать к основным действиям во избежание возобновления записи времени, когда после отлучки возобновляешь работу экрана, но не продолжаешь работать, а лишь сворачиваешь окно рабочей программы.