Loop
{ 
    Sleep 50
    if A_TimeIdlePhysical > 10000  
        MsgBox, Клавиши не были нажаты за 10 секунд
}

Правильнее покурить это.

Loop
{
sleep, 35

KeyWait, [Все клавиши], D T10
if ErrorLevel = 0
MsgBox, Клавиши не были нажаты за 10 секунд
}
Return

Если оставить пустым первый параметр в KeyWait, то высылается ошибка компилятора. Может кто подскажет?

Хм сравнительно быстро сам нашел ответ:

Loop
{
sleep, 35
if ( A_TimeIdlePhysical > 10000 )
    MsgBox, AFK
}
Return