Главное, чтобы в него отправлялись эмулируемые нажатия клавиш.

Путем теста удалось установить, что это создает активное окно, а не специальное окно, в которое направляются команды. То есть, работает частично, параллельно отправлять команды в несколько окон этим способом нельзя.

Далее ждём, когда окно этого процесса появится. Когда появляется, активируем его.

Run, notepad "c:\example.ahk",,, PID
WinWait, ahk_pid %PID%
WinActivate

Send {a}