IfExist % file

Это лишнее, читайте про 5 параметр.

file := "options.ini"

IfExist % file
	IniRead,var,% file,Section,var
else
	var = 0


Gui add,text,,Каждым закрытием и открытием этого скрипта, значение '%var%' будет увеличено на 1.
Gui show
return

GuiClose:
var++
IniWrite,% var,% file,Section,var
ExitApp