return

#ifwinactive Paint
f1::
  msgbox f1
return
#ifwinactive

Так-то да, глобальные переменные вещь довольно своеобразная и ее лучше использовать с умом.
Функции конечно логичнее, но когда используется сложная логика с переходами по goto, то они немного не в кассу.

Хотелось бы из скрипта вынести участки такого кода в отдельные файлы, где они будут сложены по типам - отдельно системные, отдельно для программ рисования, отдельно для музыки видео, отдельно для игр, например, общие участки для эмуляторов и игровых центров.

Так-то, определение всех функций, которые мог, уже вынес в отдельные скрипты и подключаю через инклуды, а вот эти определения хоткеев остались в одной куче - и, думаю, пришла пора их как-то упорядочить и структурировать, чтобы не пытаться искать среди кода для фотошопа код для mpc или winamp'а.

Еще проблема в том, что ни akelpad ни notepad++ не понимают директивы ahk (#if, #ifwinactive и прочие) и следовательно сворачивать/разворачивать их не умеют, чтобы упростить редактирование и навигацию в скриптах когда их много. Так что проще открыть несколько вкладок с тематическими скриптами, чем пытаться ориентироваться в одном файле.

#include soft.ahk

f1::lbutton

soft.ahk

#ifwinactive Paint
f1::
  msgbox f1
return
#ifwinactive

У меня спотыкается на return, а переопределять через hotkey мне чет не хочется - хочется сохранить нативность кода.

Оборачивать все такое в функции такого вида?

f1::paint_f1()

paint_f1()
{
  msgbox f1
}

Так неудобно получается и есть проблемы с глобальными переменными, которые заманаешься перечислять через global.

}
return

#Include 1.ahk ; частично работает, но не работает GUI из этого вложенного сркипта
#Include 2.ahk ; работает

Этот Return у вас не нужен, т.к. конец определения функции обозначен закрывающей фигурной скобкой.

С надежой на подсказку, повторюсь:
Что необходимо сделать, чтобы приведенный скрипт не воздействовал на вложенный за ним сценарий с элементами GUI?

OnMessage(0x404, "AHK_NOTIFYICON")
AHK_NOTIFYICON(wParam, lParam)
{
    if (lParam = 0x202) ; WM_LBUTTONUP
    {
        Suspend
        return 1
    }
    else if (lParam = 0x205) ; WM_RBUTTONUP
    {
        Menu, Tray, Show
        Sleep 1000
        return 1 ; In case of load failure.
    }
    else if (lParam = 0x208) ; WM_MBUTTONUP
    {
        Reload
        return 1
    }
}
return

#Include 1.ahk ; частично работает, но не работает GUI из этого вложенного сркипта
#Include 2.ahk ; работает

Например, если в сценарий перед двумя вложенными скриптами разместить ниже приведенный код, то работает все, кроме GUI одного из вложенных скриптов. А если разместить приведенный код после вложенных, то работают только вложенные скрипты, включая GUI.

OnMessage(0x404, "AHK_NOTIFYICON")
AHK_NOTIFYICON(wParam, lParam)
{
    if (lParam = 0x202) ; WM_LBUTTONUP
    {
        Suspend
        return 1
    }
    else if (lParam = 0x205) ; WM_RBUTTONUP
    {
        Menu, Tray, Show
        Sleep 1000
        return 1 ; In case of load failure.
    }
    else if (lParam = 0x208) ; WM_MBUTTONUP
    {
        Reload
        return 1
    }
}
return

#Include 1.ahk ; не работает GUI из этого вложенного сркипта
#Include 2.ahk

#Include 1.ahk 
#Include 2.ahk

; далее не работает

OnMessage(0x404, "AHK_NOTIFYICON")
AHK_NOTIFYICON(wParam, lParam)
{
    if (lParam = 0x202) ; WM_LBUTTONUP
    {
        Suspend
        return 1
    }
    else if (lParam = 0x205) ; WM_RBUTTONUP
    {
        Menu, Tray, Show
        Sleep 1000
        return 1 ; In case of load failure.
    }
    else if (lParam = 0x208) ; WM_MBUTTONUP
    {
        Reload
        return 1
    }
}
return

#IfWinActive, Total Commander
Shift::
if (Count = "")
   Count := 0
arr:=["^{f3}^{vk52}", "^{f5}^{vk52}", "^{f6}^{vk52}", "^{f4}^{vk52}"]
SendInput % arr[Count := Count*((A_PriorHotkey = A_ThisHotkey)&&(A_TimeSincePriorHotkey<250))+1]
return

Либо так:

#IfWinActive, Total Commander
Shift::
Count += 0
arr:=["^{f3}^{vk52}", "^{f5}^{vk52}", "^{f6}^{vk52}", "^{f4}^{vk52}"]
SendInput % arr[Count := Count*((A_PriorHotkey = A_ThisHotkey)&&(A_TimeSincePriorHotkey<250))+1]
return