Как обойти?

Почитать внимательно, что и как экранируется.
https://autohotkey.com/docs/commands/Run.htm

teadrinker 0_o Вы где такой код увидели?

Такой я не увидел, это ответ на ваш вопрос:

О, они тоже лишние?

Может я чего-то не понял, но кавычки должны быть парными. А где для них была пара?

Run % comspec " /c dir /s /b /a:-d """ A_ScriptDir "\antiobj\changed\resunpak\*.*"" > " A_ScriptDir "\antiobj\changed\ChangedList.txt"""

Читать правила.

  Сори, склероз

ЗЫ В первом сообщении были выставлены лишние кавычки, убрал. Но вопроса это разумеется не снимает.

Run %comspec% /c dir /s /b /a:-d "e:\karos\antiobj\changed\resunpak\*.*" > "e:\karos\antiobj\changed\ChangedList.txt"

Фрагмент пути "e:\karos\" у разных пользователей может быть разным, однако скрипт запускается именно из этой папки, так-что хотелось бы сделать так:

Run %comspec% /c dir /s /b /a:-d "%A_ScriptDir%\antiobj\changed\resunpak\*.*" > "%A_ScriptDir%\antiobj\changed\ChangedList.txt"

Вот только при наличии кавычек ahk этот код поймет неправильно. Как обойти?