Что касается списка, то его проще составить в виде (кавычки при пробелах):

"<C:\путь_до_файла\имя_файла имя_файла>" "<имя_файла>"

Тогда команда сведётся к:

cmd /c for /f %# in ('type C:\list.txt') do ren %#

From: C:\путь_до_файла\имя_файла
To: имя_файла

Проблема в том, что файлов очень много и руками такое исправить очень тяжело, решил поискать решение автоматизации данного процесса, но ничего толком не нашел, сам в скриптах не очень, чтобы очень... Может вы сможете чем помочь? Заранее благодарен!