ScriptPath := "D:\MyScript.ahk"  ; прописать полный путь к скрипту
LogPath := "D:\ErrorLog.txt"  ; прописать путь к лог-файлу

FileRead, script, % ScriptPath
FileAppend, % ExecScript(script), % LogPath

ExecScript(Script)  {
   shell := ComObjCreate("WScript.Shell")
   exec := shell.Exec("AutoHotkey.exe /ErrorStdOut *")
   exec.StdIn.Write(script)
   exec.StdIn.Close()
   return exec.StdErr.ReadAll()
}