Дело в том, что если идентификатор ГУИ не указан

Номер ГУИ.

y:=0
loop % 5 {
	y+=100
	Gui, New,+AlwaysOnTop +ToolWindow -Caption +LastFound -SysMenu +hwndhwnd
	Gui, Color, 12345
	Gui, Font, s48 q3
	Gui,Add,Text,,Hello
	Gui,Show,w300 h200 y%y%
	WinSet, TransColor, 12345, ahk_id %hwnd%
}

sh323 пишет:

Или не стоит заморачиваться, и для каждого прописать отдельно ?

А по другому и не получится. Дело в том, что если идентификатор ГУИ не указан, то он автоматом считается как "1":

Gui, Add, ListBox,w300 r5
Gui, Color, 12345
Gui, Add, Button,xm y+5,Кнопка
Gui, Font, s48 q3
Gui, Show
Return

ButtonКнопка:
GuiClose:
	MsgBox % A_Gui
Return
Esc::
	ExitApp

Иными словами, результат Вашего примера и должен происходить.

Видимо я бестолковый снова не так объяснил. И и хотел узнать можно ли как-то задать множественные идентификатор например от 1-10 чтобы не прописывать для каждого отдельно.

если идентификатор ГУИ не указан, то он автоматом считается как "1"

Не-а, не всегда.

Gui, Show, w300 h100
Sleep, 1000
Gui, 1: Destroy

Gui, New
Gui, Show, w300 h100
Sleep, 1000
Gui, 1: Destroy

Или не стоит заморачиваться, и для каждого прописать отдельно ?

А по другому и не получится. Дело в том, что если идентификатор ГУИ не указан, то он автоматом считается как "1":

Gui, Add, ListBox,w300 r5
Gui, Color, 12345
Gui, Add, Button,xm y+5,Кнопка
Gui, Font, s48 q3
Gui, Show
Return

ButtonКнопка:
GuiClose:
	MsgBox % A_Gui
Return
Esc::
	ExitApp

Иными словами, результат Вашего примера и должен происходить.

Gui, +AlwaysOnTop +ToolWindow -Caption +LastFound -SysMenu
WinSet, TransColor, 12345 
Gui, Color, 12345
Gui, Font, s48 q3

(делает прозрачность окна) данная строчка применяется только к Gui, 1:. Как сделать чтобы данная прозрачность применялась и к Gui, 3 и Gui, 99 ?
Или не стоит заморачиваться, и для каждого прописать отдельно ?