#x::
Process, Close, mosquitto_pub.exe
Process, Close, mosquitto_sub.exe
ExitApp

При нажатии, ничего не происходит, после первого же вывода в StdOut, горячая клавиша срабатывает и приложение закрывается. Контекстное меню тоже не открывается.. В общем так же как в первом варианте, только окно консольного приложения запускается скрытым, что хорошо)

....
exec := shell.Exec(CMD)
while !exec.StdOut.AtEndOfStream {
   str := exec.StdOut.ReadLine()
....
}

невозможно выполнять другие действия в скрипте, например, назначенная горячая клавиша на выход не работает до тех пор, пока не закроется запущенная программа, из которой идет выход StdOut. Даже контекстное меню при клике по иконке в трее не открывается. Возможно как то выйти из этого положения?

Вместо Sleep, 1000 сделал:

WinWait, ahk_class ConsoleWindowClass
WinHide, ahk_class ConsoleWindowClass

Вероятно, во избежание ложных срабатываний лучше как-то так

WinWait % "ahk_pid " exec.ProcessID
WinHide

Возможно и этот был взят за первооснову, а может и нет, уже не помню.

Судя по названию (CmdRet) первооснова была с англофорума. Там я видел функцию с таким названием.

CmdLine = nslookup
Input =                ; Ввод нескольких команд.
(
mail.ru
yandex.ru
google.com
)

Ret := RunCon(CmdLine, Input, Output)
MsgBox, %Output%
MsgBox, Код выхода: %Ret%

Такой вариант редко нужен.