Видится очевидное решение:
1-й скрипт (обычный DIR) создает два файла со списком файлов папки (возможно по шаблону).
Пользователь обрабатывает один из файлов средствами наиболее удобного редактора.
2-й скрипт берет строки из первого и второго файла и переименовывает.

Вопросы:
1. Кто-нибудь такое делал? В каких условиях? Насколько окупается? Что хочется добавить?
2. Какой формат файлов видится более удобным?
а) просто списки в одинаковом порядке
б) нумерованные списки
в) списки с пометками (удалить, изменить, добавить)
г) честные командные файлы (2-й скрипт становится ненужным)