таймером.

Это мне еще рано, я еще из цикла свой код вывести не могу
Но я был бы не против если бы вы подсказали как сделать таймер применения чего-то спустя (X) времени после чего-то

А если будет функций много?

После нажатия на неё меняет переменной значение, в теле цикла это событие обрабатывается и меняет значение переменной обратно, выключает хук клавиши.

Где в таком случае надо объявлять переменную? Т.е. где находится её область видимости и доступа?
Если я напишу перед циклом a = 0, а внутри a = 1, и при следующей проверке в другой части цикла какому значению она будет равна?
Где-то видел приписку к переменной global перед изменением значения. Где в таком случае будет видна переменная?
-------
Как этой командой одновременнопроверить несколько клавиш?

 
Key := GetKeyState("Alt", "P")=1 ? "Alt" : 0
 If Key
  Break

Если я напишу функцию, содержащую в себе ссылку  на клавиши, которые надо будет проверять,

TestKey(Hotkey)
Hotkey:: Alt, Ctrl, Shift, a, b, c, v, x, z, n, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7,,,, 

то как её написать?
Чтобы перед циклом указать

Key := GetKeyState("%HotKey%", "P")=1 ? "%HotKey%" : 0

а внутри

if %TestKey%
  Break

Вобще непонятна работа global переменной в отношении циклов и приоритетов потоков

Pause, off

Нет

Возможно так нужно паузу вырубать:

Pause, off

- При нажатии F2 поиск пикселей и при нахождении посыл клавиши (в зависимости обнаружен ли цвет в нужных позициях).

Ладно, щас сформулирую - скрипт ожидает включения клавиши (CapsLock к примеру), но она не просто тыкнул, а чтобы её состояние через GetKeyState("Capslock", "T") = D т.е. 1, т.е. вкл. А затем начинает работать цикл.
Если GetKeyState("Capslock", "T") = U, т.е. 0, т.е. выкл, то цикл не работает. Вот идея.

-------------------------

Ну то есть он вот так

while 1 == 1
{
toggle := GetKeyState("Capslock", "T")
if toggle = 0
Pause
else
Выйти из паузы!!!
}
return

Работает,
но вот только из паузы не выходит
Есть обратная команда?

Можно объявить хук клавиши. После нажатия на неё меняет переменной значение, в теле цикла это событие обрабатывается и меняет значение переменной обратно, выключает хук клавиши.

Дак запускать то назад как будешь?
Это разные клавиши и на запуск и на выход? Оно у меня и есть, проверяет значение функции и выходит если используется. Но это автоматически, а не по нажатию. Код то для того чтобы автоматизировать действия, а не прибавить нажатий.
Непонимаю почему не работает Suspend и Pause для циклов...

Или я чего не понимаю?

кнопку на выход из цикла

Но он в него опять заходит, потому что цикл указан как бесконечный, и на какой модификатор включить условие "пока" я не знаю. Вот с Caps/Num и т.п. не работает

Тогда вопрос - зачем нужно определять включенность клавиши моим методом - если её итак хорошо определяет сам скрипт:

Чтобы можно было выключить/поставить на паузу скрипт. Потому что на другие команды он не реагирует. Где бы я не задавал ~Pause/Suspend они не останавливают скрипт. (А именно ту часть, которая ищет пиксели) А если останавливают то не запускают снова.

Опишите цель скрипта. Я так понял:
- Если включен капс, разрешить перехват клавиши F2.
- При нажатии F2 поиск пикселей и при нахождении посыл клавиши (в зависимости обнаружен ли цвет в нужных позициях).

Тогда вопрос - зачем нужно определять включенность клавиши моим методом - если её итак хорошо определяет сам скрипт:

#If GetKeyState("CapsLock","T")

fgslm
Приведите пример кода, так может будет хоть немного понятно где проблема.

Как пример с использованием команды KeyWait из вашего примера:

#If GetKeyState("CapsLock","T")
F2::
KeyWait, %A_ThisHotkey%, U	; Ожидаем отпука текущей клавиши.
Loop
{
 KeyWait, CapsLock, T0.1
 Key := GetKeyState("CapsLock", "T")=1 ? "CapsLock" : 0
 If Key
  Break

while 1 == 1
{
if RepeatPress
break
else
{
;ToolTip %toggle%
PixelGetColor, M, 13, 146
PixelGetColor, RM, 24, 146
;ToolTip %M%
if (toggle && M != 0x000000 && RM != 0x000000)
SendInput {1}
;ToolTip %M%
sleep 1
{
PixelGetColor, R, 13, 161
PixelGetColor, RR, 24, 161
if (R != 0x000000 && RR != 0x000000) 
SendInput {2}
sleep 1
}
{
PixelGetColor, V, 13, 173
PixelGetColor, RV, 24, 173
if (V != 0x000000 && RV != 0x000000)
SendInput {3}
sleep 1
}
}
}
return
}

ToolTip, % "Включена клавиша: " Key
Sleep, 5000
ToolTip
Return

Через  GetKeyState тоже не лучше - скрипт спотыкается и больше работать не хочет.