toggle := 0

Numpad3::
IF toggle = 0
	{
	toggle := 1
	SetTimer, 3, On
	}
ELSE
	{
	toggle := 0
	SetTimer, 3, Off
	}
Return



3:
Soundbeep, 2000, 200
Return

CD_MyAcO можно добавить еще одну кнопку и на нее включать/выключать скрипт.

#p::Pause ; Win+P ставит на паузу скрипт. Еще раз - включает его.

Это я знаю. Но мне нужно именно не весь скрипт. У меня несколько биндов в 1 скрипте.

Это смотря какой скрипт. Показывайте, что там у Вас - горячие клавиши или таймеры или циклы?

toggle := false

Numpad3::
if (toggle := !toggle)
SetTimer, 3
return

3:
click
send {enter down}{enter up}
return

Я не очень знающийся в ахк, боюсь опозориться)