Но тогда это будет раздельный поиск, а мне надо чтоб было чекнуты сразу все разделы и если там пусто во всех трех то вывести сообщение, а если из трех в одном есть что-то, удалить и вывести сообщение и т.д. разные варианты могут быть.

Это что должно означать? Возьмите за образец предыдущий код.

Reg1 := "HKEY_CLASSES_ROOT\*\shell"
Reg2 := "HKEY_CLASSES_ROOT\Folder\shell"
Reg3 := "HKEY_CLASSES_ROOT\DesktopBackground\Shell"
loop, reg, %Reg1%, k
{
    if (A_LoopRegName = "") 
    {
      Reg1 := true
      ;Reg2 := true
      ;Reg3 := true
    }
    MsgBox, % (Reg1 ? "существует" : "не существует")
    return
}

Что, куда?), куда имя разделов вписать для поиска?

А что именно проверить-то? Существует ли он? Никогда не приходилось, по-моему прямого способа нет. Можно проверить в цикле Loop, Reg существование раздела в родительском разделе:

found := false
Loop, Reg, HKEY_CURRENT_USER\Software, K
{
   if (A_LoopRegName = "test") {
      found := true
      break
   }
}
MsgBox, % "Ключ HKEY_CURRENT_USER\Software\test " . (found ? "существует" : "не существует")

Добрый день, подскажите, как в ваш код засунуть несколько разделов?
Мне нужно проверить 3 раздела.

я бы хотел проверить его

А что именно проверить-то? Существует ли он? Никогда не приходилось, по-моему прямого способа нет. Можно проверить в цикле Loop, Reg существование раздела в родительском разделе:

found := false
Loop, Reg, HKEY_CURRENT_USER\Software, K
{
   if (A_LoopRegName = "test") {
      found := true
      break
   }
}
MsgBox, % "Ключ HKEY_CURRENT_USER\Software\test " . (found ? "существует" : "не существует")

А подскажите еще, пожалуйста, проверить можно только параметр в реестре?, просто раздел проверить, нет такого в AHK?

читал русскую справку script-coding

Лучше читать первоисточник, переводы на нашем сайте были сделаны уже давно, никто не занимается их обновлением.
RegRead, RegWrite
Текущий синтаксис:

RegRead, CheckBrowser1, HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\test, CheckBrowser
If CheckBrowser1 = 1
RegWrite, REG_SZ, HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\test, CheckBrowser, 2
Else
RegWrite, REG_SZ, HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\test, CheckBrowser, 1

Но и старый синтаксис до сих пор поддерживается, так что в этом не должно быть проблемы.

Может, просто плохо проверили? Откройте regedit, запустите свой код, после нажатия на кнопку обновляйте страницу в regedit по F5.