Run, app. s

Где "s - script ahk", "app. - интерпретатор".
Вроде как работает, но вначале пару раз не срабатывало.

Run, %A_ScriptDir%\app s

работает.

run, app.

Или указывайте полный путь:

Run C:\Program Files\AutoHotkey\app

Не компилируйте.
Зайдите по стандартному пути "C:\Program Files\AutoHotkey\AutoHotkey.exe".
Около него создайте скрипт с кодом "run, app" и скомпилируйте этим AutoHotkey.exe.
Переименуйте этот "AutoHotkey.exe" на "app".

Запустите этот ранее скомпилированный  ahk файл, который имеет команду "run, app".
Вы видите, что файл предлагает вам выбрать чем открыть этот файл?

Вот видео пример проблемы:
https://youtu.be/HgL8aoa_j9E

Возможно я просто стандарт в исходниках автохоткея изменю, если другое решение не найду.

К примеру у меня есть приложение, с расширением "app.exe", я хочу убрать у него расширение, оставив только название "app".
Если в AHK пропишу следующею команду:

Run, app

То вылезет предложение "Чем вы хотите открыть данный файл?".

Знаю что можно методом PowerShell запускать через "Start-Process", но если это к примеру Windows 7, где может отсутствовать PowerShell, то программа не запуститься в таком случае.
Хотелось бы знать, можно ли как-то запустить файл, у которого отсутствует расширение, но ты можешь дать какие-то указание, что его нужно открывать как .exe приложение?
Сразу отвечу: Метод с переименованием файла туда и обратно не подходит, т.к файл должен оставаться без расширения.