За место этого, вы можете вызывать скрипт:

Run "CompiledScript.exe" /script "script.ahk"

код сохраняется в ваш скомпилированный скрипт.

CompiledScript.exe - ваш скомпилированный скрипт.
script.ahk - ваша библиотека, функция и т.д.

Однако учитывайте, что взаимодействие между скриптами отсутствует(насколько мне известно).
Поэтому вы можете либо использовать PostMessage и SendMessage и таким образом передавать данные,
либо используйте простой текстовый файл, в который можно пересохранять данные.

Пока писал в голову пришла еще одна идея:
Создаём GUI окна и через них передаём данные, а данные получаем с помощью WindowsSpy принципов.

Основной скрипт script.exe:

#Include, another.ahk
MsgBox, % test(2,1)

Другой скрипт another.ahk:

test(a,b){
return a+b
}

И чтобы после каждого изменения функции test(a,b) , в script.exe тоже изменялась функция.