если вы хотите чтобы функция не вызывалась сама собой, то перед ней должна стоять команда "Return"

Это не верно. Она не сама собой вызывается, а по горячей клавише.

#z::
Func() {
    MsgBox, 123.
}

Это добавили не так давно, и это не очевидное поведение, ведь для вызова нужно Func().
А добавили чтобы запускалась следующая после ГК объявленная функция.

Я бы сказал, что теперь совсем ничего. Это ж надо так на паре строчек всех запутать.)

Любая начатая последовательность в AHK заканчивается, как правило, на команде "Return".
Следовательно, если вы хотите чтобы функция не вызывалась сама собой, то перед ней должна стоять команда "Return".
Поэтому любые функции желательно хранить либо в отдельном файле .ahk и прописывать #Include scriptname.ahk, либо в конце файла.

Пример:

F2::
Func()
return


Func()
{
Msgbox, hello world
}
return

Возможно я даже вас не так понял и вы хотите чего-то невозможного.
Func() - это вызвать функцию.
Func(){код} - это структура функции.

Если вы не хотите вызывать функцию, всё что вам нужно, это не вызывать её (логично).

Как раз таки вы вызываете, прописывая "Func()".

Как сделать, чтобы при нажатии сокращения, объявленные функции не вызывались сами собой?

Не очень понятно, какого поведения вы ожидаете.

#z::Return
Func() {
    MsgBox, 123.
}

#z::
Func() {
    MsgBox, 123.
}

Я же не вызываю её в коде:

#z::
Func() {
    MsgBox, 123.
}
Func()