В теле скрипта обязательно задержку использовать после шапки автозапуска

В каком именно месте? Что такое шапка автозапуска?

Не особо помогает. Всё также может открыть ни с того не с сего 50 копий.
Может задержку добавить? пару мс...

~Capslock up::
	Sleep 1
 	Reload
*End::
 	ExitApp
return

~CapsLock up::Reload

Здесь Reload будет срабатывать при отпускании CapsLock.
В вашем же варианте, Reload срабатывает постоянно с маленькой задержкой, когда удерживается CapsLock, и директива не успевает срабатывать.

Вот пример неправильного кода:

#SingleInstance, Force

F1::
loop 10
	Reload
return

Скрипт начинает дублировать себя, даже при наличии директивы #SingleInstance, Force.

Да, там есть релоад. А что он как ведёт себя? Что нужно добавиь к релоад чтобы учитывало эту директиву? Вроде бы просто должен перезагружаться и всё. Но при "некоторых обстоятельствах" открывается несколько копий.

Там стоит ~Capslock::Reload и всё, он уже больше ничем не закрывается.

#SingleInstance, Force

F1::
loop 10
	Reload
return

Скрипт начинает дублировать себя, даже при наличии директивы #SingleInstance, Force.

yellow, вы лучше бы лечили причину недуга, а не симптомы. А причина у вас скорее всего в скрипте.

Ясен пень, но уже слишком много написано чтобы что-то менять всё равно баги так или иначе и в самом ахк есть даже если они на первый взгляд не видны.

Но если вы перечислите все AHK окна

По какому параметру перечислять и ahk и exe?

DetectHiddenWindows, On
WinGet, id, list,,, Program Manager
Loop, %id%
{
    this_id := id%A_Index%
    WinActivate, ahk_id %this_id%
    WinGetClass, this_class, ahk_id %this_id%
    WinGetTitle, this_title, ahk_id %this_id%
    MsgBox, 4, 
    , Обход всех окон`n`n%a_index% из %id%`nahk_id %this_id%`nahk_class %this_class%`n%this_title%`n`nПродолжить?
    IfMsgBox, NO, break
WinClose, %WinGetClass%
}

Где там слово WMI?

А зачем вам это слово?

Нет, это список окон. Окно и процесс — разные вещи. Но если вы перечислите все AHK окна, вы сможете узнать и ID их процессов.

Я же вроде сказал, какой алгоритм

Я ничего не понял из сказанного. Где там слово WMI?

И вот это

WinGet, IDList ,List, ahk_class AutoHotkey
Loop %IDList%

Разве не перебор всех открытых процессов?

Окей:
-Перечисляем окна
-Узнаём их процесс
-Закрываем их