Вы используете не полный перехват клавиши "~WheelDown::"

Хм... Не могу вспомнить для каких целей это делалось. Изменю, потестирую. Но с "нормальной" мышью работает, как мне нужно. Странно.

Вы используете не полный перехват клавиши "~WheelDown::", поэтому система будет получать событие нажатия этой клавиши.

Попробуйте "занизить чувствительность"

Вариант хороший. А как реализовать срабатывание на каждый второй поворот колеса? Например на этом:

#If WinActive("11111 — Mozilla Firefox") && (NOT (GetKeyState("RButton")))
~WheelDown::
WinGetPos,,, Width, Height, 11111 — Mozilla Firefox ; 
MouseGetPos, x,y
if (x > 150 and x < 890  and y < 250 and y > 150)
Run, r:\xxx\XButton2.exe
sleep 100
if (x > 250 and x < 330  and y < 640 and y > 595)
Run, r:\yyy\sum.exe
sleep 100
return