У меня ваш код кликает, если нажать 3, а потом 1, всё в порядке.

В браузере? Если, да,то в каком?

И так сабж.
Проблема автоповтора только в браузерных приложениях.
Ранее у меня была Mouse Cougar и проблем не было, т.к. можно было написать макрос  на автонажатие - купить не вариант, так как их нет в продаже.
Возможно ли на АНК, хотя бы, написать автоповтор для ЛКМ - я попытался, но ничего не вышло.

#Requires AutoHotkey v1		;Явное указание версии  AutoHotkey
#SingleInstance  Ignore ;Запрет повторного запуска
a := 200000
return

3::
a := 1
return

2::
exitapp

4::
 Click 25
return

1::
   Loop %a%
   {
	send {Click down}
	 Random, rand, 25, 55
	Sleep %rand%
	send {Click up}
    ;msgbox %rand%
   }
return