Название можно поменять, укажу это в описании когда руки дойдут.

Выделяю в отдельные методы только то, что будет вызываться несколько раз

Это не совсем верно. Вообще считается, что метод или функция по размеру не должны превышать видимый на одном экране текст. Количество вызовов не имеет значения. Структура должна быть примерно такая:

#Requires AutoHotkey v2

class MyClass
{
    __New() {
        this.FirstMethod()
        this.SecondMethod()
        ; ...
        this.LastMethod()
    }

    FirstMethod() {
 
    }

    SecondMethod() {
        
    }

    LastMethod() {
        
    }
}

Нажимаю "Выбрать 1", почему-то появляется график 2, но скрывается кнопка 1:

Логические блоки лучше выделять не комментариями

Это не логические блоки, это содержимое метода __New. Выделяю в отдельные методы только то, что будет вызываться несколько раз.

; Добавление меню
    ; Меню настроек
    this.GraphMenuSettings:=Menu()

    obm:=ObjBindMethod(this,"MenuSave")
    this.GraphMenuSettings.add(this.mi.MenuSave,obm)

    obm:=ObjBindMethod(this,"MenuLoad")
    this.GraphMenuSettings.add(this.mi.MenuLoad,obm
...
; Создание основного окна
    this.GuiGraph:=Gui("+MinSize400x100 +Resize",this.Name)
    this.GuiGraph.MarginX:=0
    this.GuiGraph.MarginY:=0
...
; Создание окна перехода по времени
    this.GuiGoToT:=Gui("+owner" this.GuiGraph.Hwnd " -sysmenu -Resize","Перейти на время")
    this.GuiGoToT.SetFont("s10")
    this.hTT:=this.GuiGoToT.Add("DateTime","xm+1","HH:mm:ss        dd.MM.yyyy")
    obm:=ObjBindMethod(this,"TTOk")
...

Логические блоки лучше выделять не комментариями, а отдельными методами с соответствующими названиями.

this.Child.Push(Graph())

Не совсем ясна суть вопроса, поясните, или лучше покажите на простом примере.

Как сообщить родительскому экземпляру что "этот" экземпляр можно удалять в методе Hide()? Еще не знаю.

Может лучше заставить __Delete() работать?

Попробуй заставить на этом примере:

a:=test()
;a:=a.Delete()  ; раскоментируй чтобы вызвать деструктор
a:=""

Class test
{
  __Delete()
  {
    msgbox "Деструктор вызван.`n"
  }

  Delete()
  {
    settimer this.obm,0
    this.obm:=""
  }

  __New()
  {
    this.obm:=ObjBindMethod(this,"f")
    settimer this.obm,100
  }

  f(*)
  {
    tooltip a_tickcount
  }
}

Esc::exitapp

Минимизации и закрытия.

По задумке их не должно быть. Может потом переделаю.

Мышка может находиться только в 1 окне одновременно.

Не получилось сделать из-за ссылок на ObjBindMethod. Нигде не нашел как сделать иначе.

  static WheelUp:=false
  static WheelDown:=false
  static HotKeymW:=0

А если будет создано несколько экземпляров класса, как они будут между собой делить эти значения?