Возможно, Вы не те координаты посмотрели, именно экранные взяли, а не оконные. Как Вы их определили?
Через WinSpy, но брал их в полноэкранном режиме, то есть если приложение свернуть в оконный режим, и координата 0, 0 будет не край экрана, а край окна то оно должно работать...а у меня координаты считаются от края экрана 
loop
{
sleep 20
;----------------------
HaveSupply:= 0
PixelGetColor, Color, 410, 22
if Color = 0x94C7C6
{
HaveSupply:= 1
}
;----------------------
if HaveSupply = 1
{
PixelGetColor, Color, 140, 59
if Color = 0xF7F7F7
{
Send {F7}
}
else
{
PixelGetColor, Color, 161, 56
if Color = 0xD6CFCE
{
Send {F3}
}
}
}
;----------------------
if HaveSupply = 0
{
PixelGetColor, Color, 161, 56
if Color = 0xD6CFCE
{
Send {F3}
}
}
;----------------------
}
return
]]>