String =
(
Первая строка
Вторая строка
Третья строка
Четвертая строка
)

; удаляем строчку "Третья строка"
Loop, parse, String, `n, `r
   NewString1 .= A_LoopField = "Третья строка" ? "" : A_LoopField . "`n"
   
; удаляем последний перенос строки, если существует:
NewString1 := RegExReplace(NewString1, "(.*)\R$", "$1")  
MsgBox, % NewString1

; удаляем вторую строку
Loop, parse, String, `n, `r
   NewString2 .= A_Index = 2 ? "" : A_LoopField . "`n"
   
; удаляем последний перенос строки, если существует:
NewString2 := RegExReplace(NewString2, "(.*)\R$", "$1")  
MsgBox, % NewString2

Text =
(
Первая строка
Вторая строка
Третья строка
Четвёртая строка
Пятая строка
)

Sort, Text

MsgBox, %Text%

File = D:\Temp\Stih.txt
Str1 = Я смотрю широкими глазами.
Str2 = В Персии такие ж точно куры,

Loop, Read, %File%
{
    If (PrevLine = Str1) and (A_LoopReadLine != Str1)
        Text .= Str2 . "`n"
    Text .= A_LoopReadLine . "`n"
    PrevLine := A_LoopReadLine
}

FileDelete, %File%
FileAppend, %Text%, %File%

MsgBox, Готово.

Тихий ветер. Вечер сине-хмурый.
Я смотрю широкими глазами.
Я смотрю широкими глазами.
Я смотрю широкими глазами.
Я смотрю широкими глазами.
Как у нас в соломенной Рязани.

File = D:\Temp\Stih.txt
Str = В Персии такие ж точно куры,

Loop, Read, %File%
{
    If A_Index = 3
        Text .= Str . "`n"
    Text .= A_LoopReadLine . "`n"
}

FileDelete, %File%
FileAppend, %Text%, %File%

MsgBox, Готово.