Возможно-ли создать скирпт, который будет смотреть все действия, которые будут происходить от имени выбранной программы и если будет происходить определенная команда, отметить её синим цветом?
Возможно-ли также это поместить в отдельное окно(Не командная строка)?
Пример...
Я открываю скрипт, выбираю программу, запуск и во внутреннем окне программы, показываются команды, некоторые из них выделяя синим цветом.

Что понимается под "командами"? Если оконные сообщения, то можно установить свой обработчик на каждое окно целевого приложения- но в общем случае это очень ненадёжный вариант. На форуме была тема про сворачивание окон до размеров заголовка- в ней можно посмотреть пример кода. Если же это что-то типа записи данных в файл и просмотра реестра, то можно использовать Debug API, но это тоже не панацея, т.к. программа может обладать антиотладочными функциями. Да и реализация на AHK этого метода может быть весьма трудоёмкой.