Clipboard =
(
<script type="text/javascript">
................................
</script>
предполагается, чтобы эта строка осталась нетронутой
)

Clipboard = %Clipboard%

Loop
 {
   Clipboard := RegExReplace(Clipboard, "m)<script.*</script>", "$1")
   If ErrorLevel = 0  ; No more replacements needed.
     Break
 }
FileDelete ResultText.txt
FileAppend %Var%, ResultText.txt
Run ResultText.txt

Var =
(
<script type="text/javascript">
................................
</script>
предполагается чтобы эта строка осталась
)
Var := RegExReplace(Var, "m)<script.*</script>")
MsgBox, % Var