LOOP
{
Process, Exist, Имя процесса ; проверка на существование процесса, 
                             ; если процесс есть то его PID будет помещен в Errorlevel иначе там будет 0
If Errorlevel                ; если Errorlevel отличен от нуля, то исполняется нижняя секция
 {
  send {mbutton down}
  sleep, 50
  send {mbutton up}
  sleep, 2050
 }
else
 {
  sleep 500 ; если ничего не запущено, то подождать пол секунды 
            ; перед следующим циклом, чтобы не молотить лишнего
 }
}

--------------------------------------------
Тут даже проще, если  приложение не запущено то ничего не происходит

LOOP
{
send {mbutton down}
sleep, 50
send {mbutton up}
sleep, 2050
}

Я могу повесить этот скрипт на хоткей вкл/выкл. Но я нигде не могу найти, как сделать запуск скрипта при запуске приложения. И еще нужно, чтобы при закрытии приложения скрипт тоже останавливался(break).