Но вот беда, AutoHotkey не хочет нажимать кнопку, если приложение свернуто в трей, можно ли это как то реализовать?

XButton, попробуйте включить в заголовке команду для поддержки работы со скрытыми окнами.

Конечно. Окно приложения делается скрытым и минимизируется, иконка скрипта AHK в трэе меняется на иконку приложения, стандартные команды убираются, добавляется команда на отображение окна приложения.

Вопрос несколько раз подымался на форуме. Попробуйте поискать.

Решил избавится от приложение на панели пуск и свернуть его вовсе в трей (к часам), что бы места не занимало на панели и случайно не разворачивалось.
Для этих целей нашел программку TrayIt, более простого варианта не нашел, может быть приложение в трей можно свернуть (или просто убрать с панели пуск) и средствами AutoHotkey?

Но вот беда, AutoHotkey не хочет нажимать кнопку, если приложение свернуто в трей, можно ли это как то реализовать?

Скрипт у меня предельно прост:

z:: ;хоткей


#IfWinNotActive НАЗВАНИЕ_ПРИЛОЖЕНИЯ
{
Loop, 999
   {
    ControlSend, , z, НАЗВАНИЕ_ПРИЛОЖЕНИЯ
    sleep 15000
   }
}