Не понятно, о чем Вы говорите. Активное окно всегда одно

Нет, не всегда, точнее Вы имели ввиду окно со стилем On Top?!, у меня например TaskMgr поверх всех окон и даже поверх моего, при клике на TaskMgr он становится не активным, так как фокус уходит на моё окно, а моё окно не может встать на передний план, потому что TaskMgr по верх моего окна

Serge Yolkin, я ни в hta, ни в vbs, ни в js не разбираюсь вообще, вот решил сегодня и завтра выделить дни для изучения, вроде не сложно но и не легко, я не совсем пойму как работает Ваш пример, вставил так:

<script Language="JScript">
      window.onblur=function(){new ActiveXObject('WScript.Shell').appActivate(document.title);window.focus();}
</script>

Но естественно ни чего не происходит, так как надо контролировать в цикле

Я наверное не так выразился, хотел сказать "Как сделать своё окно поверх всех остальных стандартными средствами?"

window.onblur=function(){new ActiveXObject('WScript.Shell').appActivate(document.title);window.focus();}

?

Сделал чтоб окно было поверх всех остальных с помощью придания окну фокуса, но это не правильно, так как есть другие окна, если они станут поверх моего то они все будут не активны и будут закрывать мое, есть ли другие методы например активировать окно а не задавать ему фокус, и при свёртывании окна, оно обратно делает Resume

Не понятно, о чем Вы говорите. Активное окно всегда одно, остальные неактивны. Ваше hta-приложение перекрывало другие приложения только будучи активным и никогда не меняло свой фокус при переключении между приложениями. То есть при переключении на другие приложения никогда не было always on top. Я единственный раз наблюдал, когда оно сделало себя активным - при его минимизации: оно свернулось и тут же активизировалось.