...и что бы я смог мышкой в это время делать другие вещи в других  приложения, окно браузера при этом у меня будет на одном месте и открыто...

Grey, в твоем варианте активное окно постоянно теряет фокус во время ControlClick, вряд ли что-то с этим можно сделать, но можно хотя бы возвращать его, например так:

F1::
   SetTimer, Action, % (IsIdle:=!IsIdle) ? 1000:"Off"
   TrayTip,, % "Timer state: "(IsIdle ? "On":"Off")
   Counter:=0
   Return
 
F2::Pause
 
Action:
   Counter++
   If Counter=1
      MouseGetPos, xPos, yPos, hWnd
   WinExist("A")
   ControlClick, % "x"xPos " y"yPos, % "ahk_id"hWnd,,,, Pos
   WinActivate
   Return

Кто-нибудь знает, как сделать, чтоб окно браузера не становилось активным совсем?

F1::
   SetTimer, Action, % (IsIdle:=!IsIdle) ? 1000:"Off"
   TrayTip,, % "Timer state: "(IsIdle ? "On":"Off")
   Counter:=0
   Return

F2::Pause

Action:
   Counter++
   If Counter=1
      MouseGetPos, xPos, yPos, hWnd
   ControlClick, % "x"xPos " y"yPos, % "ahk_id"hWnd,,,, Pos
   Return

F1::
ControlClick, x33 y70, ahk_class tSkMainForm
{
  Sleep 1000
}
GoTo, F1

Return

F2::                 
  If not Stop
  {
    Stop := True
    Pause
  }
Return

F3::                 
  If Stop
  {
    Stop := False
    Pause
  }
Return

Сделал вот так, получается когда я запускаю скрипт нажав F1, "кликает" по заданным координатам  только при наведении на это место курсора мышки, если курсора там нету, то ничего не происходит.
А вот, что я в идеале хотел.
Что бы было нажатие левой кнопки в том месте где стоит курсор в момент запуска скрипта, когда я нажму F1. Тобишь, навожу курсор на нужное мне место в окне браузера, нажимаю F1 и в том месте скрипт нажимает мышкой, и что бы я смог мышкой в это время делать другие вещи в других  приложения, окно браузера при этом у меня будет на одном месте и открыто.
И при этом вариант с координатами не подходит, они постоянно разные, поэтому вот и хотелось узнать возможность того что я описал выше.

Заранее спасибо за ответы.

Может есть команда которая не трогает мышку, а просто отсылает в окно информацию о клике?

Есть - ControlClick. Вот пример, где я кликаю по контролам отвечающим за масштаб:

#NoTrayIcon
Run, % "C:\Program Files"
       . "\Windows NT"
       . "\Accessories"
       . "\wordpad.exe",,, WinPID
Sleep, 250
BlockInput, On
ControlSend, RICHEDIT50W1, % A_Hour ":"A_Min "."A_Sec ; ввод информации
. "`n"A_DD "."A_MM "."A_YYYY, % "ahk_pid"WinPID ; для наглядности
ControlClick, Button2, % "ahk_pid"WinPID,,, 21 ; эмуляция клика на +
SetKeyDelay, 150, 50
ControlSend, RICHEDIT50W1
           , % "`n`nбыло введено системное время и дата"
           . "`nи 20ть раз кликнут контрол увеличить масштаб ({+})"
           , % "ahk_pid"WinPID
Sleep, 1500
ControlClick, Button1, % "ahk_pid"WinPID,,, 21 ; эмуляция клика на -
ControlSend, RICHEDIT50W1
           , % "`n`nпотом 20ть раз кликнут контрол уменьшить масштаб ({-})"
           . "`n`nсейчас приложение будет закрыто"
           . "`nF5 - повторить (ожидание 2.5сек.)"
           , % "ahk_pid"WinPID
BlockInput, Off
Sleep, 2500
If IsReload
{
   CloseApp()
   Reload
}
CloseApp()
ExitApp

F5::IsReload:=True

CloseApp()
{
   global WinPID
   BlockInput, On
   WinKill, % "ahk_pid"WinPID
   ControlClick, Button2, ahk_class #32770,,, 2
   BlockInput, Off
}

Написал код :

F1::
Click
{
  Sleep 1000
}
GoTo, F1

Return

F2::                 
  If not Stop
  {
    Stop := True
    Pause
  }
Return

F3::                 
  If Stop
  {
    Stop := False
    Pause
  }
Return

Суть я думаю вам понятна, при нажатии на F1, запускает нажатие левой клавиши мышки, под местом где находится курсор, циклически с интервалом 1 секунда, F2 пауза, F3 продолжить.

И вот собственно вопрос, надо тоже самое, только что бы клик происходил после запуска без участия курсора, курсором я мог двигать где хочу а при этом клик продолжался в том месте где я запустил скрипт.

Может есть команда которая не трогает мышку, а просто отсылает в окно информацию о клике?

3.ы Заранее спасибо за ответы, извиняюсь, если не внятно изложил суть своего вопроса.