App:="notepad.exe", AppCount:=3
Query:="select ProcessId from Win32_Process where Name='"App "'"
MsgBox, 262144, % " ", Run 10 notepad applications, 1
Loop, 10
{
   Run, notepad.exe, % A_WinDir "\System32",, WinPID
   WinWaitActive, % "ahk_pid"WinPID
   ControlSendRaw, Edit1, % "Instance: "A_Index
                 . "`n`n"A_Hour ":"A_Min "."A_Sec
                 , % "ahk_pid"WinPID
}
MsgBox, 262144, % " ", Close all but the first tree., 1
For Key In ComObjGet("winmgmts:").ExecQuery(Query)
  If % A_Index>AppCount
  {
     WinActivate, % "ahk_pid"Key.ProcessId
     ControlSendRaw, Edit1
                   , % "`n`nClose instance: "A_Index
                   , % "ahk_pid"Key.ProcessId
     WinClose, % "ahk_pid"Key.ProcessId
     ControlClick, Button2, ahk_class #32770,,, 2
  }
MsgBox, 262144, % " ", Done!, 1
Sleep, 1000
For Key In ComObjGet("winmgmts:").ExecQuery(Query)
   {
      WinClose, % "ahk_pid"Key.ProcessId
      ControlClick, Button2, ahk_class #32770,,, 2
   }
ExitApp

Или же создать переменную окружения и туда писать число запусков и сравнивать уже в самом стартующем скрипте... вариантов много, а начальных условий мало.