a := [], b := []
Str = строка25 11 22 33 44 55 66 77 88 99 12 
Loop, parse, Str, %A_Space%
   arr := Mod(A_Index,2) ? "b" : "a", %arr%[A_Index//2] := A_LoopField
Loop % a.MaxIndex()
   MsgBox, % a[A_Index] ", " b[A_Index]

; AHK_L 1.1.07.03
a := []
b := []
;a := Object(), b := Object() ; для AHK-basic строка не нужна
Str = строка25 11 22 33 44 55 66 77 88 99 12 
Loop, parse, Str, %A_Space%
{
    n += 1
    arr := Mod(A_Index,2) ? "b" : "a", %arr%[A_Index//2] := A_LoopField
}
n := n/2
Loop %n%  ; в нашем случае n = 5
MsgBox, % a[A_Index] ", " b[A_Index]

А как определить количество циклов кроме моего варианта?

Не имею возможности проверить работу скрипта на AHK-basic (На всякий случай указал в скрипте используемую версию AHK)

На AHK-basic не заработает — там объектов нет, проще от квадратных скобок было избавиться.

a := Object(), b = Object()
...

По-видимому, коллега Bobby пользуется AHK-basic, там в переменных разрешается использовать символы "[" и "]", так что объектов, скорее всего, не нужно.

; AHK_L 1.1.07.03
a := Object(), b := Object() ; для AHK-basic строка не нужна
Str = строка25 11 22 33 44 55 66 77 88 99 12 
Loop, parse, Str, %A_Space%
   arr := Mod(A_Index,2) ? "b" : "a", %arr%[A_Index//2] := A_LoopField
MsgBox, % a[2] ", " b[2]

 Str = строка25 11 22 33 44 55 66 77 88 99 12 
Loop, parse, Str, %A_Space%
;можно продолжить 
{
MsgBox, % A_LoopField
If A_Index = 2
a[1] := A_LoopField
If A_Index = 3
b[1] := A_LoopField
If A_Index = 4
a[2] := A_LoopField
If A_Index = 5
b[2] := A_LoopField
If A_Index = 6
a[3] := A_LoopField
If A_Index = 7
b[3] := A_LoopField
If A_Index = 8
a[4] := A_LoopField
If A_Index = 9
b[4] := A_LoopField
If A_Index = 10
a[5] := A_LoopField
If A_Index = 11
b[5] := A_LoopField
}
MsgBox, % a[2] " ," b[2]

Как выбрать из строки значения для переменных a[n] и b[n], чтобы получилось
а[1]=11 b[1]=22
a[2]=33 b[2]=44
a[3]=55 b[3]=66
a[4]=77 b[4]=88
a[5]=99 b[5]=12
Есть ли более компактный вариант кроме описанного?