Run, C:\WINDOWS\system32\msiexec.exe /x {...}

Попробовал убрать только цикл:

Loop 2
{
}
Return

Устанавливается, запускается, удаляется, и что интересное установщик тоже, на ура, почему с циклом не так, не понятно.

Loop, C:\Dorst\*.exe
{
   Process, Exist, %A_LoopFileName%
   if ErrorLevel
   {
      WinClose, ahk_pid ErrorLevel,,2
      Process, Exist, %A_LoopFileName%
      if ErrorLevel
         Process, Close, %A_LoopFileName%
   }
}

Что получается, я завершаю процесс, и потом удаляю саму программу через ее инсталлятор. В процессах ее уже нет. Теперь мне надо удалить сам файл из которого шла установка. Сам файл спокойно удаляется, но не через FileDelete.

UPD: teadrinker уже написал решение, хотя и описанный мной 1ый вариант проблемы часто имеет место быть

Run, MyProg.exe,,, PID

Тогда в переменной PID сохранится идентификатор его процесса. После твоего цикла следует выполнить такой:

Loop
{
   Sleep, 1000
   Process, Exist, PID
   if !ErrorLevel
   {
      FileDelete, FilePattern
      break
   }
}

#NoTrayIcon
Loop 2
{
...
}
Return

Исполняется нормально, но как удалить установочный файл после этого цикла? Пробовал так: FileDelete ,C:\Test\*.exe, не удаляется, если записать в цикл, то повторно не смогу установить так как не будет установочного файла.