Pokerist пишет:

Всё что связано с прозрачными областями работает на порядок медленее. Если есть возможность попробуй перейти на простые *.jpg

1) Не правда.
2) Зачем? Для поиска всё равно придётся в *.bmp перевести.

Беру свои слова назад. Очевидно когда тестировал вмешался ещё какой-то фактор.

На 32 битной win7 скрипт с циклом из более чем 500 повторов этой команды исполнялся с достаточной скоростью - не более 1-2 секунд
После перехода на win7 х64 одна такая команда занимает по времени от 47 до 62мс - 500 циклов дает общее время порядка 25-30сек, что совершенно не устраивает, скорость упала на порядок.

Первое выполнение самое долгое, после него в игру вступает кэш-память, что сильно увеличивает производительность.

Во-первых не x32, а x86. А во-вторых в 64-битной системе можно выполнять 32-хбитные приложения. Время выполнения должно быть примерно одинаковое, разрядность тут никак не влияет на поиск.

Плохо пробовал. Попробуй сделать скриншот рабочего стола и найти его его, а потом измени один пиксель в правом нижнем углу и повтори поиск. Второй поиск будет вдвое дольше первого, но можно и в сотни раз увеличить его продолжительность, если искать прямоугольник определённого цвета, а рабочий стол залить этим цветом, но добавить вкрапления другого цвета так, чтобы искомого прямоугольника не было.
На оф. сайте доступен исходный код AHK_L, там в файле script2.cpp находится код функции ImageSearch.

1) Не правда.
2) Зачем? Для поиска всё равно придётся в *.bmp перевести.

fpath=E:\
Space::
   b_begin:=A_TickCount
   ImageSearch, x_i, y_i, 0, 0, 100, 100, *Trans0x00ff00 %fpath%файл.bmp
   b_end:=A_TickCount
   MsgBox % (b_end - b_begin)/1000 " сек.- " x_i "," y_i
Return

Размеры области поиска, искомой области, вид маски - на скорость не влияют, пробовал и сборку AutoHotkey_L и режимы совместимости и запуск от админа - скорость от 47 до 62мс

Правильно ли измеряю скорость исполнения, если нет то как это сделать корректно и, собственно, сама проблема - как понизить настолько возросшее время исполнения скрипта?

Если замеры корректные - поскольку размеры областей не влияют на скорость то (хотя по логике должны), видимо, имеет место искусственная задержка гораздо большая самого времени поиска
Может быть существуют директивы для исполнения скрипта.