Нужны какие-то специальные манипуляции или можно просто через диалог и "Использовать выбранную программу для всех файло этого типа?"

Я именно так и делал, никакие особые манипуляции с реестром ненужны и AHK_L не требует установки.

Вероятно, вам лучше дать другое расширение старому AHK. AHK_L обновляется, и вы будете ставить новые версии, а делать это удобнее через установщик, нежели чем вручную файлы по папкам раскладывать. А установщик каждый раз будет стандартное расширение на себя переписывать.

Т.е. переименовать папку, где старый стоит, экспортировать его ветку реестра (HKEY_CLASSES_ROOT\AutoHotkeyScript), добавить туда новое расширение, исправить тип файла и пути и импортировать обратно.

Можете здесь экспорт из реестра опубликовать и скажите, какое расширение придумали и как папку переименовали, я исправлю.

Можно зарегистрировать для него в реестре другое расширение файлов — например, ahkl — и тогда новые скрипты не будут мешать старым и смогут работать одновременно.

Отличная идея!  Правда с реестром совсем не дружу. Нужны какие-то специальные манипуляции или можно просто через диалог и "Использовать выбранную программу для всех файло этого типа?" И вручную каждый раз указывать, что сохранять надо с таким расширенем.