Открывать_локальный_html_файл_IE_и_не_нажимать_кнопку_в_его_MsgBox.js
<…>
видимо не помогло, так как снова спрашивает

— неправильное понимание осуществляемых изменений.
Правильное: включить возможность редактирования настроек безопасности зоны  с помощю стандартного диалога настройки IE (вкладка «Безопастность»,
отдельно эту вкладку можно открыть щёлкнув по значку зоны безопасности в строке состояния IE,
также программно:

rundll32.exe shell32.dll,Control_RunDLL inetcpl.cpl,,1

или

rundll32.exe inetcpl.cpl,LaunchSecurityDialogEx

).

Появился в списке зон безопасности «Мой компьютер» (наряду с «Интернет», «Местная интрасеть», «Надежные узлы», «Ограниченные узлы»)?

но тогда что-то с кодом, я попробовал у меня Дримвьвер стал запускаться и тишина...
или как нужно?

Dreamweaver не станет запускаться от того, что что-то с кодом, а от того, что он, по-видимому, установлен как программа по умолчанию открываютщая js-файлы.
В таком случае можно попробовать в командной строке выполнить

WScript.exe файл.js

А этот код по тихому вносит изменения в реестр, никаких сообщений при этом быть не должно.
Хотя эти изменения можно сделать вручную.

var WshShell=WScript.CreateObject("WScript.Shell");
var key1="HKLM\\SOFTWARE\\Policies\\Microsoft\
\Windows\\CurrentVersion\\Internet Settings\\";
var key2=(readValue(key1+"Security_HKLM_only") ? "HKLM" : "HKCU");
var val2=key2+"\\SOFTWARE\\Microsoft\\Windows\
\CurrentVersion\\Internet Settings\\Zones\\0\\Flags";
var flags=readValue(val2);
WshShell.RegWrite(val2,(flags&0xffffffdf)|1,"REG_DWORD");
deleteValue(key1+"Security_options_edit");
deleteValue(key1+"Security_zones_map_edit");

function readValue(s){
    try{
        return(WshShell.RegRead(s));
    }
    catch(e){
        return(0);
    }
}
function deleteValue(s){
    try{
        WshShell.RegDelete(s);
    }
    catch(e){}
}

так?
не знал, да забыл, вроде этот текст скрипта в тхт файл, потом изменить расширение, на какое? и двойной клик по файлу, так?

чтобы не было лишних телодвижений, если я запускаю свой файл со своего компьютера, значит я знаю что делаю

Может быть, стоит изменить установки для зоны безопасности «Мой компьютер»:
как разрешить выполнение скриптов элементов activex в локальной зоне?

А зачем это надо

- чтобы не было лишних телодвижений, если я запускаю свой файл со своего компьютера, значит я знаю что делаю

конечно, только хта и хтмл это разные вещи и я выбираю хтмл

- как это всё в коде будет?