Прочитать файл построчно, запоминая каждую строку в массиве
Обработать каждый элемент массива (изменить, удалить, добавить строку или части строк)
Добавить (если необходимо) новый элемент в конец массива
Записать весь массив в тот же файл

listFile.open("e", "TEXT", "????");

// ищем последнее выполненную строчку, отмеченную знаком ">"
do {
    var previousPos = listFile.tell();
    currentLine = listFile.readln();
    var currentPos = listFile.tell();
    var seekDelta = currentPos - previousPos - currentLine.length;
} while(!listFile.eof && currentLine.search(doneMark) < 0);

// запоминаем, добрались ли мы до конца файла (т.к. в дальнейшем будем пользоваться сдвигом, и .eof может поменять значение)

var endOfFile = false;
if (listFile.eof) endOfFile = true;

if (currentLine.search(doneMark) > 0) {
// если в файле найден знак ">"
// заменяем его на пробел
    var signPos = currentLine.indexOf(doneMark) - currentLine.length - seekDelta;
    listFile.seek(signPos, 1);
    listFile.write(separator);
};

// если мы уперлись в конец файла, сдвигаемся в начало
if (endOfFile) {
    listFile.seek (0,0);
    previousPos = 0 } 
else {
    previousPos = currentPos;
    listFile.seek(- signPos - 1, 1);};
    
// считываем строчку, с которой будем работать
currentLine = listFile.readln();

currentPos = listFile.tell();
seekDelta = currentPos - previousPos - currentLine.length;

// заменяем в рабочей строке пробел на знак ">"
var signPos = currentLine.indexOf(separator) - currentLine.length - seekDelta;
listFile.seek(signPos, 1);
listFile.write(doneMark);

var XPos =currentLine.length;
listFile.seek(XPos, 1);
listFile.write('V');